Nach der Statthalterschaft in den Niederlanden (1577-1582) und ab 1595 in Österreich wurde M. im großen Türkenkrieg Kaiser Rudolfs II. 1594/95 und 1598- 1601 der nominelle Oberbefehl über das in Ungarn kämpfende Heer und die Leitung des ungarischen Reichstages übertragen. Als die Lage im Spätherbst 1604 durch den Aufstand des siebenbürgischen Fürsten Stephan Bocskay und durch den Anschluß der Ungarn an diese Empörung für die kaiserliche Regierung immer gefährlicher wurde, bevollmächtigte der Kaiser M. mit der Aufnahme von Friedensverhandlungen, die vorerst zum Frieden von Wien führten (23.06.1606), in dem den Ungarn Religionsfreiheit und Bocskay neben seinem Fürstentum noch einige nordostungarische Komitate zugestanden wurden. Am 11. November 1606 wurde der Friede von Zsitvatorok mit den Türken geschlossen, die den Kaiser erstmals als gleichberechtigte Macht anerkannten; ein einmaliges Geldgeschenk trat an die Stelle der bisherigen jährlichen Ehrengeschenke, die Grenzen wurden auf der Grundlage der militärischen Positionen festgelegt. Kaiser Rudolfs Opposition gegen die Friedensverträge verstärkte den Gegensatz zwischen M. und seinem Bruder noch mehr, im April 1607 wurde schließlich M. infolge der geistigen Zerrüttung des Kaisers de facto als Oberhaupt der Familie anerkannt. Als Rudolf II. den Türkenkrieg erneuern wollte und Unruhen in Ungarn, Österreich und Mähren ausbrachen, suchte M. das Einvernehmen mit den Ständen dieser Länder, obwohl deren Hauptvertreter István Illésházy und Georg Erasmus von Tschernembl Protestanten waren. Gestützt auf das Bündnis von Preßburg, drang er mit Truppen gegen den Kaiser vor und erhielt am 25. Juni 1608 im Vertrag von Lieben die Regierungsgewalt in Ungarn, Österreich und Mähren; gegen religiöse und politische Zugeständnisse erreichte er am 16. November des gleichen Jahres die Wahl zum ungarischen König. Am 23. Mai 1611 zum König von Böhmen gekrönt, wurde M. nach dem Tode Rudolfs (20.01. 1612) - nach fünfmonatigem Interregnum - am 13. Juni 1612 einstimmig zum Kaiser gewählt. Das politische Konzept für den südöstlichen Raum sah nach den Plänen des Hauptberaters Klesl einen Krieg gegen die Osmanen vor, der das Ventil für die konfessionellen Spannungen im Reich schaffen sollte, aber vom Regensburger Reichstag (1613) nicht gebilligt wurde. In Siebenbürgen kam es zu Verschwörungen gegen die Willkürherrschaft Gabriel Báthorys, der von Radu Șerban, dem Woiwoden der Walachei, am 8. Juli 1611 bei Kronstadt besiegt wurde. In dieser Situation versuchte der Kaiser, Siebenbürgen zu gewinnen, scheiterte aber vor Hermannstadt. Als sich Báthory wieder dem Kaiser näherte, unterlag er seinem Konkurrenten Gabriel Bethlen und wurde ermordet (27.10. 1613). Bethlen wurde nun vom Wiener Hof im Frieden von Tyrnau (6.05.1615) als Fürst von Siebenbürgen anerkannt, am 14. Juli erfolgte die Verlängerung des Türkenfriedens von 1606 um 20 Jahre. In den letzten Regierungsjahren bereits stark unter dem Einfluß seines Nachfolgers Ferdinand (II.) von Innerösterreich, erlebte M. noch den Ausbruch der ständisch-religiösen Auseinandersetzungen durch den Prager Fenstersturz (23.05.1618), worauf er sich durch seinen Gesandten Ludwig von Mollard bemühte, vor allem den labilen Friedenszustand mit der Türkei zu erhalten. Mitten im Aufmarsch der böhmischen, ungarischen und österreichischen Stände starb Kaiser M. im März 1619.

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